„Вълшебната флейта” е последната опера на Моцарт. Писана е в годината на неговата смърт – 1791. Операта е в две действия, в популярната по онова време форма зингшпил, която включва едновременно говорни диалози и пеене. Създадена е по либретото на Емануел Шиканедер – известен за времето си актьор, режисьор, автор на пиеси, импресарио, както и извънреден ценител на таланта на Волфганг Амадеус. След като става директор на прочутия виенски театър „Ан дер Вин”, Шиканедер възлага на композитора да напише опера върху негово либрето. За сюжет избира приказната поема „Лулу, или Вълшебната флейта” от книгата на Виланд „Джинистан”.  Моцарт е ентусиазиран – не само че отдавна мечтае да напише опера върху немски текст, а от „Отвличане от сарая” това все не му се удава, но е и много доволен от либретото – не само защото е на немски, а и понеже в него присъства всичко, което тогавашната публика харесва: приказен сюжет с чести смени на лирични и комични сцени, епизоди, наситени със символизъм, тайнствени обреди…

Моцарт работи с охота и вдъхновение и вече е доста напреднал в създаването на музиката, когато се налага Шиканедер почти изцяло да преработи либретото. Причината е предстоящата премиера на конкурентния тетатър „Маринели” на доста подобната приказна опера на Винцел Мюлер „Вълшебната цитра, или Каспар Фаготистът”, също по сюжет на Виланд. При преработката на либретото този път Шиканедер използва и мотиви от фантастичната поема на абат Терасо „Сетос”. В новото либрето са нанесени редица поправки и изменения, някои преди това отрицателни герои стават положителни – и обратно.

Въпреки създадените от новия текст затруднения, Моцарт работи с хъс и увлечение и успява да завърши операта през септември 1791. Премиерата е на 30 септември в извънградския „Фрайхаус театер”. Оркестърът дирижира Моцарт; в образа на Папгено се превъплъщава самият Шиканедер, а Царицата на нощта – роля, изискваща значителни вокални умения – е поверена на снахата на Моцарт Йосефа Хофер.

„Вълшебната флейта” жъне незапомнен успех. Изключително впечатлен от операта, Гьоте я нарича „утопична и странна приказка, в която се проповядват човешките добродетели: любов, трудолюбие и нравствено съвършенство.”

Стотното изпълнение на „Вълшебната флейта” е през ноември 1792 година. За зла участ, Моцарт не успява да стане свидетел на това важно събитие, тъй като, след кратко боледуване, умира няколко месеца след премиерата – на 5 декември 1791, ненанвършил 36 години.

„Вълшебната флейта”, вдъхновена от философията на Просвещението и вярата в човешкия разум, е наситена и с масонска символика (Моцарт и Шиканедер са били масони). Историята сама по себе си представлява портрет на пътя, който човечеството изминава в търсене на познанието: от хаоса, през суеверието, до разума по метода на пробата (Тамино) и грешката (Папагено), като крайната цел е да се превърне „Земята – в небесно царство, а смъртните – в богоподобни”. Неслучайно този куплет се повтаря във финала и на двете действия.

От премиерата си до днес „Вълшебната флейта” е между най-обичаните и най-често изпълнявани произведения във всички световни оперни театри.

Най-известните части от операта са дуетът на Папагено и Папагена и арията на Царицата на нощта за колоратурен сопран, която намира място и в Златната плоча на Вояджър – (грамофонна плоча, поставена на борда на двата космически апарата, изстреляни през 1977 г. по програма Вояджър. Плочата съдържа записи на звуци и снимки, изобразяващи разнообразието на живота и културите на Земята.)